У Сектору за заштиту особа са инвалидитетом обављају се послови који се односе на:
- припрему стратешких докумената и других прописа у области подршке особама са инвалидитетом и предузећа за професионалну рехабилитацију и запошљавање особа са инвалидитетом, врши надзор над њиховим спровођењем и даје стручна мишљења у вези са применом наведених прописа и њиховом усклађеношћу са прописима Европске уније;
- праћење и унапређење области професионалне рехабилитације и запошљавања особа са инвалидитетом у предузећима за професионалну рехабилитацију и запошљавање особа са инвалидитетом, израду појединачних управних аката у поступку издавања дозвола за рад предузећа и у поступку издавања одобрења за спровођење мера и активности професионалне рехабилитације особа са инвалидитетом;
- расподелу и контролу наменског утрошка средстава буџета Републике Србије намењених за: подстицање програма од јавног интереса у области заштите особа са инвалидитетом и расподелу средстава буџета Републике Србије намењених за предузећа за професионалну рехабилитацију и запошљавање особа са инвалидитетом;
- инспекцијски надзор над повереним пословима професионалне рехабилитације и запошљавања особа са инвалидитетом у предузећима за професионалну рехабилитацију и запошљавање особа са инвалидитетом;
- остваривање права на ослобођење од плаћања увозних дажбина на увоз моторних возила и рефундацију пореза на додату вредност плаћеног при увозу моторних возила од стране особа са инвалидитетом.